Das Institut für Biophysik wurde 1985 gegründet unter der Leitung von Prof. Hansgeorg Schindler. Er legte den Grundstein für das österreichweit einzige Studium der Biophysik, damals im Physik-Gebäude am Campus. Im Jahr 1993 übersiedelte das Institut in den 10. Stock des TNF-Turms. 1999 wurde erstmals der Linz Winter Workshop für Einzelmolekülforschung abgehalten, welcher sich seitdem anhaltend großer internationaler Beliebtheit erfreut. Im August 2001 verunglückte Hansgeorg Schindler während seines Hiking-Urlaubs. Danach übernahm A. Univ.-Prof. Christoph Romanin interimistisch die Leitung und betrieb erfolgreich die Planung eines neuen universitätsübergreifenden Studiums der Molekularen Biowissenschaften mit der Universität Salzburg. Ende 2004 wurde die Lehrkanzel für Biophysik mit Univ.-Prof.Dr. Peter Pohl besetzt. Danach wuchs das Institut.

Wegen Platzmangels am Campus wurde der Standort Ende 2011 in die Gruberstrsasse 40 verlegt und fast gleichzeitig die zwei Abteilungen "Angewandte Experimentelle Biophysik" und "Molekulare Biophysik und Membranbiophysik" gegründet, wobei das Gesamtinstitut im Zweijahresrhythmus rotierend von den Abteilungsleitern Univ.-Prof. Peter Pohl und Univ.-Prof. Peter Hinterdorfer geleitet wird.

Unter der Leitung unserer ProjekteiterInnen wurden zahlreiche, junge Wissenschaftler herangebildet, die heute weltweit in der Forschung als auch in der Industrie in Österreich und im Ausland erfolgreich tätig sind.