Das Institut für Neuere Geschichte und Zeitgeschichte wurde 1968 mit der Berufung Karl Stadlers, öffnet eine Datei (1913–1987) an die zwei Jahre zuvor gegründete Hochschule für Sozial- und Wirtschaftswissenschaften Linz eingerichtet. Als politisch aktiver Linksintellektueller war Stadler 1938 nach Großbritannien emigriert, von wo er 1964 nach Wien zurückkehrte. Nach seiner Berufung wurde er zu einer der prägenden Figuren der jungen Universität, obwohl das Fach Geschichte im Lehrplan nur als Freifach angeboten wurde. Ursächlich dafür waren nicht nur seine charismatische Persönlichkeit, sondern auch sein Engagement für zwei Themenfelder, die bis dahin in der österreichischen akademischen Geschichtswissenschaft nicht oder nur marginal behandelt worden waren: die Geschichte der Arbeiter und der Arbeiterbewegung(en) sowie die Zeitgeschichte (und hier vor allem die Erforschung der Geschichte des Nationalsozialismus). Parallel zur Übernahme der Professur gründete Stadler 1968 in Linz das Ludwig Boltzmann Institut (LBI) für die Geschichte der Arbeiterbewegung (ab 1995 LBI für Gesellschafts- und Kulturgeschichte), in dessen Publikationsreihen „Klassiker“ der frühen Arbeiterbewegungs- und Zeitgeschichte herausgegeben wurden. Die seit 1965 in Linz jährlich stattfindenden Konferenzen der ITH (Internationale Tagung der Historiker der Arbeiterbewegung, jetzt: Internationale Tagung der HistorikerInnen der Arbeiter- und anderer sozialer Bewegungen) stehen in engem Zusammenhang mit der Institutsgeschichte. Sie dienten in der Zeit des Kalten Krieges als ein zentraler Begegnungsraum für Historikerinnen und Historiker aus Ost und West.

Stadler und seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, etwa Brigitte Kepplinger, Hans Hautmann und Josef Weidenholzer, gaben wichtige Impulse zur Arbeiterbewegungs- und Wohlfahrtsstaatsforschung; Gerhard Botz (1968–1979 in Linz) und Helmut Konrad (1972–1984 in Linz) wurden zu prägenden Figuren der österreichischen Geschichtswissenschaft.

Helmut Konrad hat in der Festschrift für Gerhard Botz, die, herausgegeben von Heinrich Berger et al., 2011 im Böhlau Verlag Wien unter dem Titel „Politische Gewalt und Machtausübung im 20. Jahrhundert. Zeitgeschichte, Zeitgeschehen und Kontroversen“ erschienen ist, die Anfänge des Linzer Instituts und seine Bedeutung prägnant geschildert:

Nach Karl Stadlers Emeritierung im Jahr 1983 bestimmten neben Rudolf Ardelt (ab 1986 Professor und Leiter des LBI), Reinhard Kannonier (ab 1995 gemeinsam mit Helmut Konrad und Rudolf Ardelt Leiter des LBI), Hans Hautmann, Gabriella Hauch (2001–2011 Leiterin des Instituts für Frauen- und Geschlechterforschung) und Herbert Edlinger das Profil des Instituts. Die veränderten Schwerpunktsetzungen innerhalb der Geschichtswissenschaft schlugen sich auch im Profil des Instituts nieder. Neben der Arbeitergeschichte fanden nun vermehrt kultur- und geschlechterhistorische Perspektiven Eingang in Lehre und Forschung.

Im Jahr 2000 wurden Rudolf Ardelt und Reinhard Kannonier Rektoren der JKU bzw. der Kunstuniversität Linz. Damit vollzog sich ein Generationswechsel. Die inhaltliche Ausrichtung des Instituts wurde durch neue Methoden und Forschungsfelder befruchtet, die von Regina Thumser-Wöhs und Thomas Hellmuth, im Rahmen des LBI von Birgit Kirchmayr und Peter Gutschner, sowie von Thomas Buchner getragen wurden. Angeregt durch Peter Becker, der das Institut von 2005 bis 2009 leitete, engagierte sich das Team im historisch-kulturwissenschaftlichen Diskurs und richtete die Kulturgeschichtetage 2007 und 2009 aus. Das Institut ist maßgeblich an der Gestaltung des Bachelor-Studiums „Kulturwissenschaften“ beteiligt; im Wintersemester 2009/2010 wurde auf Initiative von Thomas Hellmuth, mit Unterstützung der Stadt Linz und des Landes Oberösterreich, das Masterstudium „Politische Bildung“ am Institut installiert, das großen Zuspruch unter den Studierenden findet.

Im Jahr 2010 wurde das Institut um das interdisziplinäre Arbeitsfeld „Global Studies“ bereichert, in ihm arbeiten die Soziologin Veronika Wittmann und der Politikwissenschaftler Franz Nuscheler, Senior Fellow der JKU (Emeritus der Universität Duisburg, Senior Fellow des Instituts für Entwicklung und Frieden und Mitglied im Entwicklungspolitischen Beirat des Österreichischen Bundesministeriums für europäische und internationale Angelegenheiten), an Fragen und transnationalen Zusammenhängen in den Bereichen Gesellschaft, Politik, Kultur, Ökonomie und Recht.