Die Wurzel des Instituts für Organisation liegen im Jahr 1973 als Gerhard Reber aus Mannheim auf den neu geschaffenen Lehrstuhl Organisation der Sozial- und Wirtschaftlichen Fakultät der JKU berufen wurde. Das Institut entwickelte drei Schwerpunkte — Organisation (Gerhard Reber), Personalwirtschaft (Wolf Böhnisch) und Internationales Management (Lars Hakanson) — und übernahm den Namen Institut für Unternehmensführung.

Mit dem UG 2002 wurden aus den Schwerpunkten jeweils eigenständige Institute und auch der Name Institut für Organisation wurde wieder verwendet. Nach der Emeritierung von Gerhard Reber (2005) leiteten Peter Eberl (FU Berlin) von 2007–2008, Giuseppe Delmestri (Universität Bergamo) von 2011–2015 und Elke Schüßler (FU Berlin) von 2016–2023 das Institut. Seit September 2023 leitet Robert M. Bauer (JKU) das Institut interimistisch.

Der Blick über nationale Grenzen und die Auseinandersetzung mit anderen Kulturen waren und sind dem Institut ein zentrales Anliegen. Internationaler Studierenden- und Lehrenden-Austausch, sowie die Zusammenarbeit in internationalen Forschungsprojekten dokumentieren dies bis heute.

Zudem legt das Institut Wert auf seinen regionalen Bezug und leistet sowohl Beiträge zur global orientierten Grundlagenforschung als auch zur auf regionale Wirksamkeit ausgerichteten angewandten Forschung.