Im Herbst 1995 wurde das Institut für Handhabungs und Fertigungssysteme als fünftes Mechatronik-Institut gegründet und Prof. Hartmut Bremer zum Institutsvorstand berufen. Das Institut bestand zunächst aus zwei Abteilungen: der Abteilung für Rechnergestützte Methoden im Maschinenbau (Prof. Klaus Zeman) und der Abteilung Robotik (Prof. Bremer).

Am 1. Jänner 2004 wurde aus der Abteilung Robotik das Institut für Robotik. Im selben Jahr wurde Prof. Hubert Gattringer zum stellvertretenden Institutsvorstand gewählt (Assistent seit 2001, Promotion sub auspiciis 2006, Habilitation 2011).

Im Herbst 2013 wurde Prof. Bremer emeritiert. Zum Wintersemester 2014/15 wurde Prof. Andreas Müller als Nachfolger berufen.