Von seiner Geschichte her und durch Arbeitskooperationen mit dem Institut verbunden ist auch der Oberösterreichische Museumsverbund. Der Verbund Oberösterreichischer Museen ist ein gemeinnütziger Verein, der im Jahr 2001 als Interessengemeinschaft und Serviceeinrichtung für die Museen, Sammlungen und museumsähnlichen Einrichtungen des Bundeslandes Oberösterreich gegründet wurde. Mitglieder sind Museen wie Orts- und Regionalmuseen, Freilichtmuseen und Spezialmuseen, Landesmuseen und andere museale Einrichtungen und Sammlungen sowie museumsähnliche Einrichtungen in Oberösterreich.  Der Emeritus des Instituts, Roman Sandgruber, der eine Reihe von Landesausstellungen in Oberösterreich und Niederösterreich kuratierte, war und ist langjähriger Präsident des Oberösterreichischen Museumsverbunds. Auch in Forschung und Lehre wurde diese Kooperation wirksam. Das Institut engagierte sich seit langer Zeit im Bereich angewandter Geschichte (Ausstellungen, Vortragstätigkeit, Lehrerfortbildung, Verbreitung sozial- und wirtschaftshistorischer Forschungsergebnisse im Kulturbereich und in der Volksbildung). Insbesondere im Rahmen von Landesausstellungen und Sonderausstellungen waren Institutsmitarbeiter als wissenschaftliche Kuratoren oder Bearbeiter tätig. 1987 und 1998 wurden die oö. Landesausstellungen im wissenschaftlichen Bereich im Wesentlichen vom Institut für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte der Universität Linz ausgerichtet.

Seit längerem eng verknüpft mit dem Institut ist auch die Lagergemeinschaft Auschwitz zum Gedenken. Ehemals exklusiv von österreichischen Überlebenden des Konzentrationslagers Auschwitz getragen, ist dies in der Gegenwart aus Altersgründen nicht mehr möglich. Bereits seit 1980 nahm Rudolf Kropf vom Institut für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte an Exkursionen in die Gedenkstätte (Museum) Auschwitz-Birkenau in Polen teil bzw. leitete diese. Mit dem Ableben eines langjährigen Kooperationspartners des Instituts, des Lagergemeinschafts­obmanns und Auschwitz-Überlebenden Kurt Hacker, im Jahr 2001 veränderte sich nunmehr die Struktur der Lagergemeinschaft. Die Lagergemeinschaft wickelt ihre organisatorische Arbeit nunmehr über das Institut für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte an der Universität Linz ab und versteht sich als strikt überparteilich. Der Schulterschluss Lagergemeinschaft - Geschichtswissen­schaft sollte es ermöglichen, die Sicherung der Erinnerungen der Auschwitz-Überlebenden stärker in den Vordergrund zu rücken. Auf Rudolf Kropf als Obmann (2002) folgte 2006 Michael John, der auch über ein Jahrzehnt als Vorstandsmitglied der Lagergemeinschaft Mauthausen fungierte. Herta Neiß ist Vorstandsmitglied der Lagergemeinschaft Auschwitz seit 2003. Beide nehmen Funktionen in den vom Österreichischen Nationalfonds eingerichteten Beiräten zur Neugestaltung der Österreich-Ausstellung in Oswiecim (Auschwitz) wahr; Herta Neiß ist Vorsitzende des gesellschaftlichen Beirats.

Das Engagement für die Lagergemeinschaften ehemaliger Konzentrationslager stellte eine Ergänzung zur wissenschaftliche Ausrichtung des Instituts dar: Ab den späten 1990er Jahren waren Institutsmitglieder in Kommissionen und Forschungsprojekten zur Aufarbeitung der NS-Vergangenheit teilweise leitend tätig (Arisierung und Restitution, Kunstraub, VÖEST-Historikerkommission, Zwangsarbeit usw.). Ab 2011/12 folgten ein Engagement für die bislang verdrängte Geschichte der Heimkinder in der Zweiten Republik (Untersuchungskommission Wilhelminenberg, Heim Hohe Warte, Wien, Caritas Heime in Oberösterreich, Entschädigungen für ehemalige Heimkinder - Heimkinderkommission der Volksanwaltschaft usw.).