Dirk Rupnow forscht und lehrt seit 2009 am Institut für Zeitgeschichte der Universität Innsbruck, das er von 2010 bis 2018 auch leitete. Seit 2018 ist er Dekan der Philosophisch-Historischen Fakultät. Nach dem Studium an der FU Berlin und der Universität Wien war er Mitarbeiter der Historikerkommission der Republik Österreich (1999/2000). Seine Forschungen führten ihn an das Simon Dubnow-Institut für jüdische Geschichte und Kultur an der Universität Leipzig, die Duke University, das Dartmouth College sowie das Center for Advanced Holocaust Studies des US Holocaust Memorial Museums. Er war Junior Fellow am Internationalen Forschungszentrum Kulturwissenschaften IFK (Wien) und Visiting Fellow am Institut für die Wissenschaft vom Menschen IWM (Wien). 2017 war er der Distinguished Visiting Austrian Chair Professor an der Stanford University.