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Der NextSeq2000 Sequencer von Illumina generiert bis zu 360 Gb pro Lauf, mit einer Fehlerrate von < 0.34 %. Hierbei werden Read-Längen von bis zu 600 Basen unterstützt.
Unser NextSeq2000 hat ein DRAGEN-Modul integriert und ermöglicht somit schnelle, sowie präzise Sekundäranalysen bis hin zum Variant Call.
Die Core Facility Next-Generation Sequencing (NGS) und Molekularbiologie bietet ein breites Spektrum an Technologien im Bereich der genetischen Analyse. Die hochmodernen Sequenzierplattformen ermöglichen die Genom- und Transkriptomsequenzierung auf DNA- und RNA-Ebene sowie die Sequenzierung von Short Reads und Ultra Long Reads. Neben der Schulung an den Geräten bietet die Core Facility NGS und Molekularbiologie auch Beratung in den Bereichen Probenvorbereitung, Datenanalyse und Interpretation der Ergebnisse an.
Geräte
Der MinION Mk1C von Oxford Nanopore Technologies generiert bis zu 48 Gb pro Flow Cell, bei einer Fehlerrate von < 0.5 %. Die einzigartige Nanopore Technology ermöglich hierbei das Sequenzieren ultra-long reads, mit bis zu 4 Mb.
Zudem kann auf Wunsch selektives Sequenzieren aktiviert werden, wodurch Moleküle, welche vordefinierte Sequenzen beinhalten, prompt verworfen, oder selektiv sequenziert werden.
Mithilfe des Chromium Controllers können wir diverse Single Cell Sequenzierungen von 10x Genomics durchführen. Diese inkludieren Transkriptom und Immun Profiling sowie ATAC.
Pro Probe können hierbei bis zu 10.000 Zellen inkludiert werden.
10x Genomics Chromium Controller, öffnet eine Datei in einem neuen Fenster
Die Qualitätskontrolle von DNA bzw. RNA Proben wird mittels automatischer Elektrophorese auf unserem 2100 Bioanalyzer von Agilent Technologies durchgeführt.
Der nCounter Sprint Profiler von NanoString Technologies ermöglicht besonders rasches RNA-Analyse in unter 24 h gesamter Workflowdauer. Hierbei werden bis zu 800 Transkripte selektiv quantifiziert. Weiterhin können auf Anfrage Custom Panels von bis zu 55 Targets inkludiert werden.
Mithilfe unserer RT-PCR Systeme von Bio-Rad Laboratories quantifizieren wir DNA bzw. RNA spezifisch in qPCR Experimenten.
Hierbei werde sowohl 94-Well System als auch 384-Well System unterstützt.
Dienstleistungen
- Genom- und Transkriptom-basierte Sequenzierungen
- Short-read Sequenzierung
- Ultra-long-read Sequenzierung
- Single Cell Analyses
- Qualitätskontrolle von DNA/RNA-Proben
- Quantifizierung von DNA/RNA
- Nanoporesequencing
Ansprechpersonen
Name | Funktion | Telefonnummer | |
Dr. Johannes Pröll | Leitung Core Facility | 0732 2468 3090 | johannes.proell@jku.at |
| David Demmel, MSc | Biologe | 0732 2468 3092 | david.demmel@jku.at |
